Terragénome : un consortium international pour séquencer le métagénome du sol
Résumé
L'activité microbienne du sol est capitale à la vie sur notre planète, les microorganismes telluriques étant des acteurs majeurs des grands cycles biogéochimiques terrestres dont notamment ceux du carbone et de l'azote. La fertilité et inversement la désertification des sols dépendent fortement de la présence et des activités que réalisent bactéries, archaea, eucaryotes microscopiques des sols. Ces microbes recèlent également un potentiel considérable de fonctions utiles à l'homme, pour sa santé (nouveaux médicaments), celle de son environnement (traitement des pollutions chimiques des sols, bioremédiation), son alimentation (amélioration de la croissance des plantes, protection contre les pathogènes). Paradoxalement et en dépit de l'importance qu'ils représentent on ne connaît encore que très imparfaitement la vulnérabilité de ces microorganismes aux différents types de perturbations auxquels ils peuvent être confrontés. Sont-ils eux aussi menacés par l'érosion de la biodiversité, dans quelle mesure la redondance de fonctions entre différents taxons bactériens permet-elle de compenser cette possible érosion populationnelle, les mécanismes de résilience tant populationnelle que fonctionnelle sont-ils suffisamment puissants pour maintenir un fonctionnement optimal des écosystèmes lorsque ceux-ci sont soumis à des stress comme lors du changement d'utilisation des terres ou en réponse aux changements climatiques ? Ces problématiques, déjà d'actualité, vont prendre une importance considérable dans un futur proche. La difficulté rencontrée pour répondre à ces questions tient au fait que les communautés microbiennes des sols, qui représentent le plus important réservoir de biodiversité demeurent largement méconnues, inexplorées et donc sous-exploitées du fait que seule une infime proportion de ces organismes peut être cultivée in vitro. C'est avec le développement conjoint des approches métagénomiques, c'est-à-dire basée sur l'extraction directe de l'ADN bactérien du sol sans étape de mise en culture préalable et des nouvelles méthodes de séquençage à très haut débit qu'une véritable analyse du potentiel génétique des communautés microbiennes peut aujourd'hui être efficacement initiée. L'information produite permettra de révéler progressivement toute la diversité de ce monde microscopique, leur mode d'évolution et d'adaptation, les interactions qui régissent tant le développement des différentes populations que les fonctions que chacune peut réaliser séparément ou en associations.