Refining Dynamics of Gene Regulatory Networks in a Stochastic π-Calculus Framework

Loïc Paulevé 1, * Morgan Magnin 1 Olivier Roux 2
* Auteur correspondant
2 MeForBio
IRCCyN - Institut de Recherche en Communications et en Cybernétique de Nantes
Abstract : In this paper, we introduce a framework allowing to model and analyse efficiently Gene Regulatory Networks in their temporal and stochastic aspects. The analysis of stable states and inference of René Thomas' discrete parameters derives from this logical formalism. We offer a compositional approach which comes with a natural translation to the Stochastic π-Calculus. The method we propose consists in successive refinements of generalized dynamics of Gene Regulatory Networks. We apply this method to the control of the differentiation in a Gene Regulatory Network generalizing metazoan segmentation processes.
Type de document :
Article dans une revue
Transactions on Computational Systems Biology, Springer, 2011, XIII, pp.171-191. <10.1007/978-3-642-19748-2_8>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00397235
Contributeur : Loïc Paulevé <>
Soumis le : mardi 18 février 2014 - 17:45:01
Dernière modification le : lundi 21 mars 2016 - 17:36:56
Document(s) archivé(s) le : dimanche 18 mai 2014 - 12:15:22

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Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux. Refining Dynamics of Gene Regulatory Networks in a Stochastic π-Calculus Framework. Transactions on Computational Systems Biology, Springer, 2011, XIII, pp.171-191. <10.1007/978-3-642-19748-2_8>. <hal-00397235v2>

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