Analyse des groupes de gènes co-exprimés : un outil automatique pour l'interpretation des expériences de biopuces

Résumé : La technologie des biopuces permet de mesurer les niveaux d'expression de milliers de gènes dans différentes conditions biologiques générant ainsi des masses de données à analyser. De nos jours, l'interprétation de ces volumineux jeux de donnés à la lumière des différentes sources d'informations est l'un des principaux défis dans la bio-informatique. Nous avons développé une nouvelle méthode appelée AGGC (Analyse des Groupes de Gènes Co-exprimés) qui permet de constituer de manière automatique des groupes de gènes à la fois fonctionnellement riches, i.e. qui partagent les mêmes annotations fonctionnelles, et co-exprimés. AGGC intègre l'information issue des biopuces, i.e. les profils d'expression des gènes, avec les annotations fonctionnelles des gènes obtenues à partir des sources d'informations génomiques comme Gene Ontology. Les expérimentations menées avec cette méthode ont permis de mettre en évidence les principaux groupes de gènes fonctionnellement riches et co-exprimés dans des expériences de biopuces.
Complete list of metadatas

Cited literature [11 references]  Display  Hide  Download

https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00363018
Contributor : Nicolas Pasquier <>
Submitted on : Monday, April 26, 2010 - 12:18:35 AM
Last modification on : Thursday, May 3, 2018 - 1:40:02 PM
Long-term archiving on : Tuesday, September 14, 2010 - 5:02:44 PM

File

Analyse_des_groupes_de_genes_c...
Files produced by the author(s)

Identifiers

  • HAL Id : hal-00363018, version 1

Collections

Citation

Ricardo Martinez, Nicolas Pasquier, Claude Pasquier, Martine Collard. Analyse des groupes de gènes co-exprimés : un outil automatique pour l'interpretation des expériences de biopuces. SFC'2006 Conference, May 2006, Metz, France. 10 p. ⟨hal-00363018⟩

Share

Metrics

Record views

190

Files downloads

122