Analyse des groupes de gènes co-exprimés : un outil automatique pour l'interprétation des expériences de biopuces (version étendue)

Ricardo Martinez 1 Nicolas Pasquier 1, * Claude Pasquier 2 Martine Collard 1 Lucero Lopez-Perez 3
* Corresponding author
3 ODYSSEE - Computer and biological vision
DI-ENS - Département d'informatique de l'École normale supérieure, CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée , ENS Paris - École normale supérieure - Paris, Inria Paris-Rocquencourt, ENPC - École des Ponts ParisTech
Résumé : La technologie des biopuces permet de mesurer les niveaux d'expression de milliers de gènes dans différentes conditions biologiques générant ainsi des masses de données à analyser. De nos jours, l'interprétation de ces volumineux jeux de donnés à la lumière des différentes sources d'informations est l'un des principaux défis dans la bio-informatique. Nous avons développé une nouvelle méthode appelée AGGC (Analyse des Groupes de Gènes Co-exprimés) qui permet de constituer de manière automatique des groupes de gènes à la fois fonctionnellement riches, i.e. qui partagent les mêmes annotations fonctionnelles, et co-exprimés. AGGC intègre l'information issue des biopuces, i.e. les profils d'expression des gènes, avec les annotations fonctionnelles des gènes obtenues à partir des sources d'informations génomiques comme Gene Ontology. Les expérimentations menées avec cette méthode ont permis de mettre en évidence les principaux groupes de gènes fonctionnellement riches et co-exprimés dans des expériences de biopuces. Programme et informations annexes : http://keia.i3s.unice.fr/?Implementations:CGGA.
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00361718
Contributor : Nicolas Pasquier <>
Submitted on : Monday, April 26, 2010 - 12:22:58 AM
Last modification on : Friday, May 25, 2018 - 12:02:04 PM
Document(s) archivé(s) le : Tuesday, September 14, 2010 - 4:58:51 PM

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Analyse_des_groupes_de_genes_c...
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  • HAL Id : hal-00361718, version 1

Citation

Ricardo Martinez, Nicolas Pasquier, Claude Pasquier, Martine Collard, Lucero Lopez-Perez. Analyse des groupes de gènes co-exprimés : un outil automatique pour l'interprétation des expériences de biopuces (version étendue). Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, Hermann, 2008, Classification : points de vue croisés, Chapitre XXI. ⟨hal-00361718⟩

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