Analyse des groupes de gènes co-exprimés : un outil automatique pour l'interprétation des expériences de biopuces (version étendue)

Ricardo Martinez 1 Nicolas Pasquier 1, * Claude Pasquier 2 Martine Collard 1 Lucero Lopez-Perez 3
* Auteur correspondant
3 ODYSSEE - Computer and biological vision
DI-ENS - Département d'informatique de l'École normale supérieure, CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée , ENS Paris - École normale supérieure - Paris, Inria Paris-Rocquencourt, ENPC - École des Ponts ParisTech
Résumé : La technologie des biopuces permet de mesurer les niveaux d'expression de milliers de gènes dans différentes conditions biologiques générant ainsi des masses de données à analyser. De nos jours, l'interprétation de ces volumineux jeux de donnés à la lumière des différentes sources d'informations est l'un des principaux défis dans la bio-informatique. Nous avons développé une nouvelle méthode appelée AGGC (Analyse des Groupes de Gènes Co-exprimés) qui permet de constituer de manière automatique des groupes de gènes à la fois fonctionnellement riches, i.e. qui partagent les mêmes annotations fonctionnelles, et co-exprimés. AGGC intègre l'information issue des biopuces, i.e. les profils d'expression des gènes, avec les annotations fonctionnelles des gènes obtenues à partir des sources d'informations génomiques comme Gene Ontology. Les expérimentations menées avec cette méthode ont permis de mettre en évidence les principaux groupes de gènes fonctionnellement riches et co-exprimés dans des expériences de biopuces. Programme et informations annexes : http://keia.i3s.unice.fr/?Implementations:CGGA.
Type de document :
Article dans une revue
Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, Hermann, 2008, Classification : points de vue croisés, Chapitre XXI
Liste complète des métadonnées


https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00361718
Contributeur : Nicolas Pasquier <>
Soumis le : lundi 26 avril 2010 - 00:22:58
Dernière modification le : jeudi 29 septembre 2016 - 01:22:13
Document(s) archivé(s) le : mardi 14 septembre 2010 - 16:58:51

Fichier

Analyse_des_groupes_de_genes_c...
Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Identifiants

  • HAL Id : hal-00361718, version 1

Collections

Citation

Ricardo Martinez, Nicolas Pasquier, Claude Pasquier, Martine Collard, Lucero Lopez-Perez. Analyse des groupes de gènes co-exprimés : un outil automatique pour l'interprétation des expériences de biopuces (version étendue). Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, Hermann, 2008, Classification : points de vue croisés, Chapitre XXI. <hal-00361718>

Partager

Métriques

Consultations de
la notice

274

Téléchargements du document

97