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Conference papers
From bioputing to bactoputing: computing with bacteria
Victor Norris
1
Abdallah Zemirline
2
Patrick Amar
3
Pascal Ballet
2
Eshel Ben Jacob
4
Gilles Bernot
5
Guillaume Beslon
6
Eric Fanchon
7
Jean-Louis Giavitto
8
Nicolas Glade
9
Patrick Greussay
10
Yohann Grondin
11
James A. Foster
12
Guillaume Hutzler
8
François Képès
13
Olivier Michel
8
Gradimir Misevic
1
Franck Molina
14
Jacqueline Signorini
10
Pasquale Stano
15
Alain Thierry
16
9
NEANT
Victor Norris 1
Mail :
Author
Abdallah Zemirline 2
Mail :
Author
Patrick Amar 3
Mail :
Author IdHAL : patrick-amar ORCID : https://orcid.org/0000-0003-0584-0546
Pascal Ballet 2
Mail :
Author IdHAL : pascal-ballet
Eshel Ben Jacob 4
Mail :
Author
Gilles Bernot 5
Mail :
Author
Guillaume Beslon 6
Mail :
Author IdHAL : gbeslon
Eric Fanchon 7
Mail :
Author
Jean-Louis Giavitto 8
Mail :
Author IdHAL : jean-louis-giavitto ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/F-5160-2012 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-3964-9080
Nicolas Glade 9
Mail :
Author
Patrick Greussay 10
Mail :
Author
Yohann Grondin 11
Author
James A. Foster 12
Mail :
Author
Guillaume Hutzler 8
Mail :
Author
François Képès 13
Mail :
Author
Olivier Michel 8
Mail :
Author IdHAL : olivier-michel2
Gradimir Misevic 1
Mail :
Author
Franck Molina 14
Mail :
Author
Jacqueline Signorini 10
Mail :
Author
Pasquale Stano 15
Author
Alain Thierry 16
Author
1
AMMIS - Assemblages moléculaires : modélisation et imagerie SIMS (Bât. de Biologie-Géologie Faculte des Sciences de Rouen 76821 MONT ST AIGNAN CEDEX - France)
- UNIROUEN - Université de Rouen Normandie (1, rue Thomas Becket 76821 Mont-Saint-Aignan Cedex - France)
- NU - Normandie Université (Esplanade de la Paix - CS 14032 - 14032 Caen Cedex 5 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : FRE 2829 (France)
2
LISYC - Laboratoire d'Informatique des Systèmes Complexes (Université de Bretagne Occidentale 20 av. Victor Le Gorgeu CS 93837 29238 Brest Cedex - France)
- ENIB - École Nationale d'Ingénieurs de Brest (945 avenue du Technopole - 29280 Plouzané - France)
- UBO - Université de Brest : EA3883 (Université de Bretagne Occidentale - 3 Rue des Archives 29238, Brest - France)
- IBNM - Institut Brestois du Numérique et des Mathématiques (Université de Brest - UBO
3 Rue des Archives, 29238 Brest - France)
- UBO - Université de Brest (Université de Bretagne Occidentale - 3 Rue des Archives 29238, Brest - France)
- ENSTA Bretagne - École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (2 rue François Verny, 29806 Brest cedex 9 - France)
3
LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI - Bâtiments 650-660 Université Paris-Sud 91405 Orsay Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8623 (France)
- UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11 (Bâtiment 300 - 91405 Orsay cedex - France)
- CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France)
4
School of Physics and Astronomy [Tel Aviv] (R. and B. Sackler Faculty of exact Sciences, Tel Aviv University, Tel Aviv 69978, Israel - Israel)
- Tel Aviv University [Tel Aviv] (P.O. Box 39040, Tel Aviv 6997801 - Israel)
5
I3S - Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (2000, route des Lucioles - Les Algorithmes - bât. Euclide B 06900 Sophia Antipolis - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7271 (France)
- UNS - Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (Parc Valrose - BP 2135 - 06103 Nice cedex 2 - France)
- UCA - Université Côte d'Azur (Parc Valrose, 28 avenue Valrose 06108 Nice Cedex 2 - France)
6
LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (Bâtiment Blaise Pascal - 20, avenue Albert Einstein - 69621 Villeurbanne cedex - France)
- UL2 - Université Lumière - Lyon 2 (86, rue Pasteur - 69007 Lyon - France)
- ECL - École Centrale de Lyon (36 avenue Guy de Collongue - 69134 Ecully cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5205 (France)
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein,
69621 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France)
7
IBS - UMR 5075 - Institut de biologie structurale (Institut de Biologie Structurale, 71 avenue des martyrs, CS 10090, 38044 Grenoble Cedex 9 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5075 (France)
- IRIG - Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble : DRF/IRIG/DBSC (France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/IRIG (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/IRIG (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
- UGA - Université Grenoble Alpes (CS 40700 - 38058 Grenoble cedex - France)
8
IBISC - Informatique, Biologie Intégrative et Systèmes Complexes (40,rue du pelvoux, Courcouronnes 91020 EVRY CEDEX - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : FRE3190 (France)
- UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne (Boulevard François Mitterrand 91025 Evry Cedex - France)
10
LIASD - Laboratoire d'Informatique Avancée de Saint-Denis (Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis - 2 rue de la Liberté - 93526 Saint-Denis cedex - France)
- UP8 - Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis : EA4383 (2 rue de la Liberté - 93526 Saint-Denis cedex - France)
11
Department of Physics and Astronomy [Leicester] (University of Leicester, University Road, Leicester, LE1 7RH, - United Kingdom)
- University of Leicester (University Rd, Leicester LE1 7RH - United Kingdom)
12
Departement of Biological Sciences (United States)
- University of Idaho [Moscow, USA] (875 Perimeter Drive, Moscow, ID 83844 - United States)
13
Génopole [Evry] (5, Rue Henri Desbruères 91 030 Evry Cedex - France)
- UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne (Boulevard François Mitterrand 91025 Evry Cedex - France)
14
DAA - Défenses antivirales et antitumorales (UNIVERSITE MONTPELLIER II bâtiment 24 - cc 086 - 2ème ét. 34095 MONTPELLIER CEDEX 5 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5124 (France)
- UM2 - Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (Place Eugène Bataillon - 34095 Montpellier cedex 5 - France)
15
Enrico Fermi - Dipartimento di Fisica (Dipartimento di Fisica "E. Fermi" - Largo Bruno Pontecorvo 3, 56127 Pisa - Italy)
- University of Pisa - Università di Pisa (Lungarno Pacinotti 43 - 56126 Pisa - Italy)
16
SysDiag - Sysdiag-Modélisation et Ingénierie des Systèmes Complexes Biologiques pour le Diagnostic (CAP DELTA - 1682 RUE DE LA VALSIERE
34184 MONTPELLIER CEDEX 4 - France)
- BIO-RAD (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR3145 (France)
Abstract : The relevance of certain biological materials and processes to computing or bioputing has been explored for decades. These materials include DNA, RNA, enzymes and other proteins whilst the processes include transcription and translation (as well as the control of these processes by protein and by small RNA) and signal transduction. Recently, other directions have been envisaged using bacteria themselves as living computers. Generally, these uses of bacteria fall within the classical paradigm of computing. Computer scientists, however, have a variety of problems to which they seek solutions whilst microbiologists are having new insights into the problems bacteria are solving and how they are solving them. Here, we envisage that bacteria might be used for new sorts of computing. These might be based on the capacity of bacteria to grow, move and adapt to a myriad different fickle environments as both individuals and as populations of both bacteria and bacteriophage. This new computing may extend to developing a new high level language appropriate to using populations of bacteria and bacteriophage. Such new principles might be based on the way that bacteria explore phenotype space via hyperstructure dynamics and the fundamental nature of the cell cycle. Here we offer a speculative tour of what we term bactoputing, namely the use of the natural behaviour of bacteria and other cells for calculating.
Complete list of metadatas
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00340470
Contributor : Frédéric Davesne <>
Submitted on : Thursday, November 20, 2008 - 11:47:00 PM
Last modification on : Tuesday, May 5, 2020 - 11:50:16 AM
Contributor : Frédéric Davesne <>
Submitted on : Thursday, November 20, 2008 - 11:47:00 PM
Last modification on : Tuesday, May 5, 2020 - 11:50:16 AM
Identifiers
- HAL Id : hal-00340470, version 1
Collections
UNIV-EVRY | UNICE | UNIV-LYON2 | EC-LYON | I3S | LIRIS | IBISC-COSMO | IBISC | UNIV-BREST | ENIB | UMR8623 | UGA | IBS | CNRS | CEA | UNIV-PARIS8 | INSA-LYON | UNIV-COTEDAZUR | UNIV-LYON1 | CEA-DRF | COMUE-NORMANDIE | UNIROUEN | INSA-GROUPE | IRIG | CEA-GRE | UNIV-PARIS-LUMIERES | UDL | LIASD
Citation
Victor Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Pascal Ballet, Eshel Ben Jacob, et al.. From bioputing to bactoputing: computing with bacteria. Proceedings of the Lille Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, 2008, France. ⟨hal-00340470⟩
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