Optimisation des performances du programme mpiBLAST pour la parallélisation sur grille de calcul

Mohieddine Missaoui (1)

1 LIMOS - Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'Optimisation des Systèmes

Le programme mpiBLAST est un programme d'alignement local de séquences destiné aux architectures parallèles telles que les clusters ou les grilles de calcul. La performance du mpiBLAST est optimale lorsqu'on utilise la totalité des noeuds du cluster l'ISIMA. La meilleure performance est obtenue lorsque (n+1) noeuds sont utilisés pour le calcul tandis que la base de données est fragmentée sur n noeuds. Nous avons démontré une légère chute de performance lorsque le nombre de noeuds utilisés pour le calcul est très supérieur au nombre de fragments de la base de données. Le programme parallèle d'alignement de séquence mpiBLAST est adapté pour l'application que nous développons et permet d'aller jusqu'à 8 fois plus vite que sur une architecture classique. L'architecture du cluster est une étape de transition vers l'architecture de grille de calcul.

Domaines: Calcul parallèle, distribué et partagé [cs.DC]

Mohieddine Missaoui. Optimisation des performances du programme mpiBLAST pour la parallélisation sur grille de calcul. 2006. ⟨hal-00678054⟩