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HAL : hal-00641586, version 1

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BioNLP Shared Task 2011 ACL Workshop, Portland : United States (2011)
BioNLP Shared Task 2011 - Bacteria Gene Interactions and Renaming
Jourde Julien 1, Alain-Pierre Manine 1, Philippe Veber 1, Karën Fort 2, 3, Bossy Robert 1, Erick Alphonse 3, Philippe Bessières 4
(27/07/2011)

We present two related tasks of the BioNLP Shared Tasks 2011: Bacteria Gene Renaming (Rename) and Bacteria Gene Interactions (GI). We detail the objectives, the corpus specification, the evaluation metrics, and we summarize the participants' results. Both issued from PubMed scientific literature abstracts, the Rename task aims at extracting gene name synonyms, and the GI task aims at extracting genic interaction events, mainly about gene transcriptional regulations in bacteria.
1 :  Unité de Mathématique, Informatique et Génome (MIG)
INRA : UR1077
2 :  Institut de l'information scientifique et technique (INIST)
CNRS : UPS76
3 :  Laboratoire d'informatique de Paris-nord (LIPN)
CNRS : UMR7030 – Université Paris XIII - Paris Nord
4 :  Unité Mathématique Informatique et Génome (MIG)
INRA
RCLN
Informatique/Traitement du texte et du document
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11_Paper_INRA.pdf(260.9 KB)

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