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Electronic Journal of Statistics 3 (2009) 678-711
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Optimal weighting for false discovery rate control
Etienne Roquain 1, Mark Van De Wiel 2, 3
(10/07/2009)

How to weigh the Benjamini-Hochberg procedure? In the context of multiple hypothesis testing, we propose a new step-wise procedure that controls the false discovery rate (FDR) and we prove it to be more powerful than any weighted Benjamini-Hochberg procedure. Both finite-sample and asymptotic results are presented. Moreover, we illustrate good performance of our procedure in simulations and a genomics application. This work is particularly useful in the case of heterogeneous $p$-value distributions.
1 :  Laboratoire de Probabilités et Modèles Aléatoires (LPMA)
CNRS : UMR7599 – Université Paris VI - Pierre et Marie Curie – Université Paris VII - Paris Diderot
2 :  Department of Mathematics [Amsterdam]
Universiteit van Amsterdam
3 :  Dep. of Epidemiology and Biostatistics
Medical Center, Vrije Universiteit
Mathématiques/Statistiques

Statistiques/Théorie
False discovery rate – multiple testing – $p$-value weighting – power maximization.
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EJS-2009-430-Sup1.pdf(484.6 KB)
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