HAL : hal-00186471, version 1

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FRANCORO V/ROADEF 2007, Grenoble : France (2007)

Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale

Philippe Veber 1, Sébastien Tempel 1, Rumen Andonov 1, Dominique Lavenier 1, Jacques Nicolas (  Auteur correspondant ) 1

(20/02/2007)

Nous proposons une approche pour faire apparaître les domaines structurant une famille de séquences génomiques. Cette approche repose sur l'hypothèse que les unités fonctionnellement pertinentes des séquences possèdent plusieurs occurrences au sein de la famille. Nous procédons en deux phases : 1. l'extraction des séquences répétées dans la famille, 2. la recherche d'un codage optimal de chaque séquence de la famille comme une concaténation des éléments isolés à la première étape. Nous exposons dans ce travail la recherche du codage par une approche d'optimisation combinatoire basée sur la programmation linéaire en nombres entiers. L'approche est illustrée sur la famille de transposons AtRep issue de A. thaliana.

1 :	SYMBIOSE (INRIA - IRISA)
	CNRS : UMR6074 – INRIA – INSA Rennes – Université de Rennes 1

Domaine

:

Informatique/Algorithme et structure de données Informatique/Bio-informatique Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique Informatique/Mathématique discrète

Mots Clés : domaines génomiques – optimisation combinatoire – programmation en nombres entiers

hal-00186471, version 1

http://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00186471

oai:hal.archives-ouvertes.fr:hal-00186471

Contributeur : Philippe Veber <>

Soumis le : Vendredi 9 Novembre 2007, 11:10:01

Dernière modification le : Vendredi 9 Novembre 2007, 13:28:12