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Conference on Algebraic Biology, AB'07, Castle of Hagenberg (Linz) : Autriche (2007)
Attenuation Regulation as a Term Rewriting System
Eugene Asarin 2, Thierry Cachat ( ) 2, Alexander Seliverstov 1, Tayssir Touili 2, Vassily Lyubetsky 1
CNRS-RAS cooperation agreement 19122 Evolver Collaboration(s)
(06/07/2007)

The classical attenuation regulation of gene expression in bacteria is considered. We propose to represent the secondary RNA structure in the leader region of a gene or an operon by a term, and we give a probabilistic term rewriting system modeling the whole process of such a regulation.
1 :  Institute for information transmission problems of the Russian Academy of Sciences (IITP)
Russian Academy of Sciences
2 :  Laboratoire d'informatique Algorithmique : Fondements et Applications (LIAFA)
CNRS : UMR7089 – Université Paris-Diderot - Paris VII
Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique

Informatique/Bio-informatique
RNA – secondary structure – regulation – probabilistic term rewriting system
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termesRegul.ps(233.5 KB)
PDF
termesRegul.pdf(220.6 KB)

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