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Recent progress in automatically extracting information from the pharmacogenomic literature.

 Yael Garten , Adrien Coulet , Russ B Altman
Pharmacogenomics / Personalized Medicine, 2010, 11 (10), pp.1467-89. ⟨10.2217/pgs.10.136⟩
Article dans une revue inria-00549699v1

Extraction of genotype-phenotype-drug relationships from text: from entity recognition to bioinformatics application.

 Adrien Coulet , Nigam H. Shah , Lawrence Hunter , Chitta Barral , Russ B Altman
Pacific Symposium on Biocomputing, 2010, pp.485-7
Article dans une revue inria-00549705v1
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Construction et utilisation d'une base de connaissances pharmacogénomique pour l'intégration de données et la découverte de connaissances

 Adrien Coulet
Interface homme-machine [cs.HC]. Université Henri Poincaré - Nancy 1, 2008. Français. ⟨NNT : 2008NAN10047⟩
Thèse tel-01748450v2

Semantically enabling pharmacogenomic data for the realization of personalized medicine.

 Matthias Samwald , Adrien Coulet , Iker Huerga , Robert L Powers , Joanne S Luciano , et al.
Pharmacogenomics, 2012, 13 (2), pp.201-12. ⟨10.2217/pgs.11.179⟩
Article dans une revue hal-00752095v1
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Indexation et intégration de ressources textuelles à l'aide d'ontologies : application au domaine biomédical

 Clement Jonquet , Adrien Coulet , Nigam Shah , Mark A. Musen
21èmes Journées Francophones d'Ingénierie des Connaissances (IC 2010), Jun 2010, Nimes, France. pp.271-282
Communication dans un congrès hal-00488419v1
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Extraction de données pharmacogénomiques à partir d'études cliniques : problématique

 Adrien Coulet , Marie-Dominique Devignes , Malika Smaïl-Tabbone
Deuxième atelier sur la "Fouille de données complexes dans un processus d'extraction des connaissances", Jan 2005, Paris/France
Communication dans un congrès inria-00080156v1
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Ontology-based Web Services for Data Annotation and Integration

 Patricia L. Whetzel , Nigam H. Shah , Natalya Noy , Clement Jonquet , Adrien Coulet , et al.
18th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2010), Technology track, Jul 2010, Boston, United States. , TT33, 2010
Poster de conférence lirmm-01605892v1

Ontology Refinement through Role Assertion Analysis: Example in Pharmacogenomics

 Adrien Coulet , Malika Smail-Tabbone , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
21st International Workshop on Description Logics - DL2008, May 2008, Dresden, Germany
Communication dans un congrès inria-00338677v1
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Suggested Ontology for Pharmacogenomics (SO-Pharm): Modular Construction and Preliminary Testing

 Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
Proceedings of International Workshop on Knowledge Systems in Bioinformatics - KSinBIT'06, Oct 2006, Montpellier, France
Communication dans un congrès inria-00089824v1

Ontology-guided data preparation for discovering genotype-phenotype relationships

 Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Pascale Benlian , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (Suppl 4), pp.S3. ⟨10.1186/1471-2105-9-S4-S3⟩
Article dans une revue inria-00338669v1
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NCBO Resource Index: Ontology-Based Search and Mining of Biomedical Resources

 Clement Jonquet , Paea Lependu , Sean M. Falconer , Adrien Coulet , Natalya F. Noy , et al.
9th International Semantic Web Conference (ISWC 2010), Semantic Web Challenge winner award, Nov 2010, Shangai, China. pp.8
Communication dans un congrès hal-00557982v1

Ontology-based knowledge discovery in pharmacogenomics.

 Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
Hamid R. Arabnia and Quoc-Nam Tran. Software Tools and Algorithms for Biological Systems, 696, Springer, pp.357-66, 2011, Advances in Experimental Medicine and Biology, 978-1-4419-7046-6. ⟨10.1007/978-1-4419-7046-6_36⟩
Chapitre d'ouvrage inria-00585072v1
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Integration and publication of heterogeneous text-mined relationships on the Semantic Web

 Adrien Coulet , Yael Garten , Michel Dumontier , Russ B Altman , Mark A. Musen , et al.
Journal of Biomedical Semantics, 2011, 2 (S2), pp.S10
Article dans une revue hal-00585215v1
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SNP-Converter: an Ontology-Based solution to Reconcile Heterogeneous SNP Descriptions for Pharmacogenomic Studies

 Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Pascale Benlian , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
3rd International Workshop on Data Integration in the Life Sciences 2006 - DILS'06, Jul 2006, European Bioinformatics Institute (EBI), Hinxton/UK
Communication dans un congrès inria-00080050v1

Ontology-driven Data Integration for Pharmacogenomics: Application to Genome Variations

 Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Pascale Benlian , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM'06, Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB), Jul 2006, Bordeaux/France
Communication dans un congrès inria-00080064v1
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Ontology-guided Data Preparation for Discovering Genotype-Phenotype Relationships

 Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Pascale Benlian , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
Network Tools and Applications in Biology: A Semantic Web for Bioinformatics - NETTAB 2007, Jun 2007, Pisa, Italy
Communication dans un congrès inria-00186988v1
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SNP-Ontology for semantic integration of genomic variation data

 Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Pascale Benlian , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - ISMB'06, Aug 2006, Fortaleza/Brésil
Communication dans un congrès inria-00067863v2
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Mises en correspondances de données, textes et connaissances pour la découverte de connaissances biomédicales

 Adrien Coulet
Base de données [cs.DB]. Université de Lorraine, 2019
HDR tel-02429926v2
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Extracting Disease-Symptom Relationships by Learning Syntactic Patterns from Dependency Graphs

 Mohsen Hassan , Olfa Makkaoui , Adrien Coulet , Yannick Toussaint
BioNLP 15, Association for Computational Linguistics, Jul 2015, Beijing, China. pp.184
Communication dans un congrès hal-01184655v1
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Mining Electronic Health Records to Validate Knowledge in Pharmacogenomics

 Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone
ERCIM News, 2016, ERCIM News 104, Special theme: Tackling Big Data in the Life Sciences, 104, pp.56
Article dans une revue hal-01369501v1
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Tree-LSTM and Cross-Corpus Training for Extracting Biomedical Relationships from Text

 Joël Legrand , Yannick Toussaint , Chedy Raïssi , Adrien Coulet
DLPM2017 Workshop - 2nd International Workshop on Deep Learning for Precision Medicine, Sep 2017, Skopje, Macedonia
Communication dans un congrès hal-01592802v1

Using text to build semantic networks for pharmacogenomics

 Adrien Coulet , Nigam H Shah , Yael Garten , Mark A. Musen , Russ B Altman
Journal of Biomedical Informatics, 2010, 43 (6), pp.1009-19. ⟨10.1016/j.jbi.2010.08.005⟩
Article dans une revue inria-00549695v1
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Learning Subgraph Patterns from text for Extracting Disease–Symptom Relationships

 Mohsen Hassan , Adrien Coulet , Yannick Toussaint
1st International Workshop on Interactions between Data Mining and Natural Language Processing, Sep 2014, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-01095595v1
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Matching Pharmacogenomic Knowledge: Particularities, Results, and Perspectives

 Pierre Monnin , Adrien Coulet
17th International Workshop on Ontology Matching : OM-2022, Oct 2022, Virtual, China
Communication dans un congrès hal-03835712v1
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Projet ANR (2016-2021) « PractiKPharma » : extraction, comparaison et découverte de connaissances en pharmacogénomique

 Pierre Monnin , Adrien Coulet
1024 : Bulletin de la Société Informatique de France, 2022, 19, pp.109 - 120. ⟨10.48556/sif.1024.19.109⟩
Article dans une revue hal-03669026v1
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Ontology Web Services for Semantic Applications

 Patricia L. Whetzel , Nigam H. Shah , Natalya F. Noy , Clement Jonquet , Adrien Coulet , et al.
Pacific Symposium on Biocomputing (PSB 2010), Poster session, Jan 2010, Waimea, United States.
Poster de conférence hal-04297858v1
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Combining Concept Annotation and Pattern Structures for Guiding Ontology Mapping

 Pierre Monnin , Amedeo Napoli , Adrien Coulet
FCA4AI@IJCAI2018 - 6th International Workshop "What can FCA do for Artificial Intelligence?", Jul 2018, Stockholm, Sweden
Communication dans un congrès hal-01858391v1
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Discovering Subsumption Axioms with Concept Annotation

 Pierre Monnin , Amedeo Napoli , Adrien Coulet
BDA 2017 - 33ème Conférence sur la Gestion de Données — Principes, Technologies et Applications, Nov 2017, Nancy, France. Gestion de Données — Principes, Technologies et Applications (BDA 2017)
Poster de conférence hal-01671454v2
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Étudier les mécanismes des effets indésirables des médicaments avec l'IA explicable : expériences avec la fouille de graphes de connaissances

 Pierre Monnin , Adrien Coulet
Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2022
Article dans une revue hal-03669065v1
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Using an ontological representation of chemotherapy toxicities for guiding information extraction and integration from EHRs

 Alice Rogier , Adrien Coulet , Bastien Rance
Medinfo 2021 - 18th World Congress on Medical and Health Informatics, Oct 2021, Virtual conference, Australia
Communication dans un congrès hal-03364585v1
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