2023
Article dans une revue
- titre
- A unifying rank aggregation framework to suitably and efficiently aggregate any kind of rankings
- auteur
- Pierre Andrieu, Sarah Cohen-Boulakia, Miguel Couceiro, Alain Denise, Adeline Pierrot
- article
- International Journal of Approximate Reasoning, 2023, 162, pp.109035. ⟨10.1016/j.ijar.2023.109035⟩
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-
2022
Article dans une revue
- titre
- On the predictibility of A-minor motifs from their local contexts
- auteur
- Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise
- article
- RNA Biology, 2022, 19 (1), pp.1208-1227. ⟨10.1080/15476286.2022.2144611⟩
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-
- titre
- On the predictibility of A-minor motifs from their local contexts
- auteur
- Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise
- article
- RNA Biology, 2022, 19 (1), pp.1208-1227. ⟨10.1080/15476286.2022.2144611⟩
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-
2021
Article dans une revue
- titre
- Efficient, robust and effective rank aggregation for massive biological datasets
- auteur
- Pierre Andrieu, Bryan Brancotte, Laurent Bulteau, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Adeline Pierrot, Stéphane Vialette
- article
- Future Generation Computer Systems, 2021, 124, pp.406-421. ⟨10.1016/j.future.2021.06.013⟩
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-
- titre
- Finding recurrent RNA structural networks with fast maximal common subgraphs of edge-colored graphs
- auteur
- Antoine Soulé, Vladimir Reinharz, Roman Sarrazin-Gendron, Alain Denise, Jérôme Waldispühl
- article
- PLoS Computational Biology, 2021, 17 (5), pp.e1008990. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008990⟩
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-
Communication dans un congrès
- titre
- A Graph-based Similarity Approach to Classify Recurrent Complex Motifs from their Context in RNA Structures
- auteur
- Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Dominique Barth, Alain Denise
- article
- JOBIM 2021, Jul 2021, Institut Pasteur (Paris), France. pp.15
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-
- titre
- A Graph-Based Similarity Approach to Classify Recurrent Complex Motifs from Their Context in RNA Structures
- auteur
- Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Dominique Barth, Alain Denise
- article
- 19th Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2021, Nice (virtuel), France. ⟨10.4230/LIPIcs.SEA.2021.19⟩
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-
Rapport
- titre
- Classements consensuels de données biologiques massives
- auteur
- Pierre Andrieu, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise
- article
- [Rapport de recherche] Université Paris-Saclay/Université Paris-Sud; Laboratoire Interdisciplinaire des Sciences du Numérique. 2021
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-
2020
Poster de conférence
- titre
- A graph-based approach to classify A-minor motifs in RNA structures according to their structural context
- auteur
- Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise
- article
- ISMB: Intelligent Systems for Molecular Biology, Jul 2020, Virtual conference (Covid), Canada
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-
- titre
- A graph-based approach to classify A-minor motifs in RNA structures according to their structural context
- auteur
- Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise
- article
- JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France. JOBIM 2020 Poster Proceedings, pp.34, 2020
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-
2019
Article dans une revue
- titre
- Bounds on Autocorrelation Coefficients of Rudin-Shapiro Polynomials
- auteur
- Jean-Paul Allouche, S. Choi, Alain Denise, T. Erdélyi, B. Saffari
- article
- Analysis Mathematica, 2019, 45 (4), pp.705-726. ⟨10.1007/s10476-019-0003-4⟩
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-
- titre
- CoMetGeNe: mining conserved neighborhood patterns in metabolic and genomic contexts
- auteur
- Alexandra Zaharia, Bernard Labedan, Christine Froidevaux, Alain Denise
- article
- BMC Bioinformatics, 2019, 20 (1), ⟨10.1186/s12859-018-2542-2⟩
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-
Communication dans un congrès
- titre
- Forbidden substrings and the connectivity of the Hamming graph of RNA sequences: Partial disconnectivity tests
- auteur
- Maher Mallem, Alain Denise, Yann Ponty
- article
- SEQBIM 2019 - Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques, Dec 2019, Marne-la-Vallée, France
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-
- titre
- Reliability-Aware and Graph-Based Approach for Rank Aggregation of Biological Data
- auteur
- Pierre Andrieu, Bryan Brancotte, Laurent Bulteau, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Adeline Pierrot, Stéphane Vialette
- article
- 2019 15th International Conference on eScience (eScience), Sep 2019, San Diego, France. pp.136-145, ⟨10.1109/eScience.2019.00022⟩
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-
2018
Article dans une revue
- titre
- Mining for recurrent long-range interactions in RNA structures reveals embedded hierarchies in network families
- auteur
- Vladimir Reinharz, Antoine Soulé, Eric Westhof, Jérôme Waldispühl, Alain Denise
- article
- Nucleic Acids Research, 2018, ⟨10.1093/nar/gky197⟩
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-
2017
Article dans une revue
- titre
- GARN2: coarse-grained prediction of 3D structure of large RNA molecules by regret minimization.
- auteur
- Mélanie Boudard, Dominique Barth, Julie Bernauer, Alain Denise, Johanne Cohen
- article
- Bioinformatics, 2017, 16, pp.2479-2486. ⟨10.1093/bioinformatics/btx175⟩
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-
2016
Communication dans un congrès
- titre
- Heterogeneous Graph Mining for Biological Pattern Discovery in Metabolic Pathways
- auteur
- Alexandra Zaharia, Bernard Labedan, Christine Froidevaux, Alain Denise
- article
- SeqBio 2016, Nov 2016, Nantes, France
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-
- titre
- Homology modeling of complex structural RNAs
- auteur
- Wei Wang, Matthieu Barba, Philippe Rinaudo, Alain Denise, Yann Ponty
- article
- JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2016, Jun 2016, Lyon, France
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-
2015
Article dans une revue
- titre
- GARN: Sampling RNA 3D Structure Space with Game Theory and Knowledge-Based Scoring Strategies.
- auteur
- Mélanie Boudard, Julie Bernauer, Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise
- article
- PLoS ONE, 2015, 10 (8), pp.e0136444. ⟨10.1371/journal.pone.0136444⟩
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-
- titre
- Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
- auteur
- Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
- article
- Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2015, Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 8 (11), pp.1202-1213. ⟨10.14778/2809974.2809982⟩
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-
Communication dans un congrès
- titre
- Résultats algorithmiques pour le design d’ARN avec contraintes de séquence
- auteur
- Vincent Le Gallic, Alain Denise, Yann Ponty
- article
- SeqBio 2015, Nov 2015, Orsay, France. pp.26-31
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-
- titre
- Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
- auteur
- Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
- article
- The 41st International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaï, United States
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-
Ouvrages
- titre
- Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics
- auteur
- Alain Denise, Olivier Lespinet, Mireille Régnier
- article
- Alain Denise; Olivier Lespinet; Mireille Régnier. 2015
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-
Poster de conférence
- titre
- Interrogation de bases de données biologiques publiques par reformulation de requêtes et classement des résultats avec ConQuR-Bio
- auteur
- Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- JOBIM: Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , pp.35 slides, 2015
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-
2014
Article dans une revue
- titre
- A meta-approach for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
- auteur
- Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
- article
- BMC Genomics, 2014, 15 (S6), pp.S16. ⟨10.1186/1471-2164-15-S6-S16⟩
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-
- titre
- Optimisation problems for pairwise RNA sequence and structure comparison: a brief survey
- auteur
- Alain Denise, Philippe Rinaudo
- article
- Transactions on Computational Collective Intelligence, 2014, 13, pp.70-82. ⟨10.1007/978-3-642-54455-2_3⟩
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-
- titre
- A meta-approach for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
- auteur
- Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
- article
- BMC Genomics, 2014, ⟨10.1186/1471-2164-15-S6-S16⟩
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-
- titre
- Mechanisms for U2AF to define 3' splice sites and regulate alternative splicing in the human genome
- auteur
- Changwei Shao, Bo Yang, Tongbin Wu, Jie Huang, Peng Tang, Yu Zhou, Jie Zhou, Jinsong Qiu, Li Jiang, Hairi Li, Geng Chen, Hui Sun, Yi Zhang, Alain Denise, Dong-Er Zhang, Xiang-Dong Fu
- article
- Nature Structural and Molecular Biology, 2014, 21, pp.997-1005. ⟨10.1038/nsmb.2906⟩
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-
Communication dans un congrès
- titre
- ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data
- auteur
- Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- 10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 - 142, ⟨10.1007/978-3-319-08590-6_13⟩
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-
Poster de conférence
- titre
- A new method for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
- auteur
- Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
- article
- Proc. ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014, Strasbourg, France. Proc. ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014
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-
2013
Article dans une revue
- titre
- A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages (journal version)
- auteur
- Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
- article
- Theoretical Computer Science, 2013, 502, pp.165-176
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An Algorithmic Game-Theory Approach for Coarse-Grain Prediction of RNA 3D Structure.
- auteur
- Alexis Lamiable, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Alain Denise
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2013, 10 (1), pp.193-199. ⟨10.1109/TCBB.2012.148⟩
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-
Communication dans un congrès
- titre
- Flexible RNA design under structure and sequence constraints using formal languages
- auteur
- Yu Zhou, Yann Ponty, Stéphane Vialette, Jérôme Waldispühl, Yi Zhang, Alain Denise
- article
- ACM-BCB - ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics - 2013, Sep 2013, Bethesda, Washigton DC, United States
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-
- titre
- Comparative analysis of phylogenetic profiles for the enzymatic characterization of fungal group
- auteur
- Cécile Pereira, Jérôme Azé, Alain Denise, Christine Drevet, Christine Froidevaux, Philippe Silar, Olivier Lespinet
- article
- JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. à paraître
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-
2012
Article dans une revue
- titre
- Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures
- auteur
- Alexis Lamiable, Dominique Barth, Alain Denise, Franck Quessette, Sandrine Vial, Eric Westhof
- article
- Computational Biology and Chemistry, 2012, 37, pp.1-5
- Accès au bibtex
-
- titre
- BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
- auteur
- Julien Allali, Cédric Saule, Cedric Chauve, Yves d'Aubenton-Carafa, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine de Monte, Aida Ouangraoua, Marie-France Sagot, Michel Termier, Claude Thermes, Hélène Touzet
- article
- Advances in Bioinformatics, 2012, 2012, pp.1-5. ⟨10.1155/2012/893048⟩
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-
- titre
- Coverage-biased random exploration of large models and application to testing
- auteur
- Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Sandrine-Dominique Gouraud, Richard Lassaigne, Johan Oudinet, Sylvain Peyronnet
- article
- International Journal on Software Tools for Technology Transfer, 2012, 14 (1), pp.73-93
- Accès au bibtex
-
Communication dans un congrès
- titre
- Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots
- auteur
- Philippe Rinaudo, Yann Ponty, Dominique Barth, Alain Denise
- article
- WABI - 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics - 2012, University of Ljubljana, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Graph Algorithms and Software Framework for Interactive RNA Structure Modelling
- auteur
- Fabrice Jossinet, Alexis Lamiable, Philippe Rinaudo, Liza Al-Shikhley, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Eric Westhof, Alain Denise
- article
- Journees Ouvertes de Biologie Informatique et Mathematiques - JOBIM'12, Jul 2012, Rennes, France. pp.475-476
- Accès au bibtex
-
2011
Article dans une revue
- titre
- Counting RNA pseudoknotted structures
- auteur
- Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
- article
- Journal of Computational Biology, 2011, 18 (10), pp.1339-1351. ⟨10.1089/cmb.2010.0086⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Communication dans un congrès
- titre
- Using medians to generate consensus rankings for biological data
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
- article
- SSDBM 2011: Scientific and Statistical Database Management Conference, 2011, Portland, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Uniform Monte-Carlo Model Checking
- auteur
- Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Richard Lassaigne, Sylvain Peyronnet
- article
- FASE 2011, 2011, Saarbrücken, Germany
- Accès au bibtex
-
- titre
- A new approach to suboptimal pairwise sequence alignment
- auteur
- Peter Clote, Lou Feng, Alain Denise
- article
- CompBio 2011: IASTED International Conference on Computational Bioscience, 2011, Cambridge, United Kingdom
- Accès au bibtex
-
2010
Article dans une revue
- titre
- Regulation of splicing enhancer activities by RNA secondary structures
- auteur
- Wei Liu, Yu Zhou, Zexi Hu, Tao Sun, Alain Denise, Xiang-Dong Fu, Yi Zhang
- article
- FEBS Letters, 2010, 584 (21), pp.4401-7. ⟨10.1016/j.febslet.2010.09.039⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Controlled non uniform random generation of decomposable structures
- auteur
- Alain Denise, Yann Ponty, Michel Termier
- article
- Theoretical Computer Science, 2010, 411 (40-42), pp.3527-3552. ⟨10.1016/j.tcs.2010.05.010⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Alignments of RNA structures.
- auteur
- Guillaume Blin, Alain Denise, Serge Dulucq, Claire Herrbach, Helene Touzet
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2010, 7 (2), pp.309-322. ⟨10.1109/TCBB.2008.28⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm
- auteur
- Claire Herrbach, Alain Denise, Serge Dulucq
- article
- Theoretical Computer Science, 2010, 411, pp.2423-2432
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Communication dans un congrès
- titre
- Uniform and non-uniform random generation of RNA secondary structures with pseudoknots
- auteur
- Cédric Saule, Claire Wallon, Alain Denise
- article
- GASCOM, Sep 2010, Montreal, Canada
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages
- auteur
- Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
- article
- GASCom 2010, 2010, Montreal, Canada
- Accès au bibtex
-
- titre
- Counting RNA pseudoknotted structures (extended abstract)
- auteur
- Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
- article
- 22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), 2010, San Francisco, United States. pp.1037-1048, ⟨10.46298/dmtcs.2834⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2009
Article dans une revue
- titre
- VARNA: Interactive drawing and editing of the RNA secondary structure.
- auteur
- Kévin Darty, Alain Denise, Yann Ponty
- article
- Bioinformatics, 2009, 25 (15), pp.1974-5. ⟨10.1093/bioinformatics/btp250⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2008
Article dans une revue
- titre
- Automated motif extraction and classification in RNA tertiary structures.
- auteur
- Mahassine Djelloul, Alain Denise
- article
- RNA, 2008, 14 (12), pp.2489-97. ⟨10.1261/rna.1061108⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Shuffling biological sequences with motif constraints
- auteur
- R. Rivière, D. Barth, J. Cohen, Alain Denise
- article
- Journal of Discrete Algorithms, 2008, 6 (2), pp.192-204
- Accès au bibtex
-
- titre
- A method for automated discovering of RNA tertiary motifs
- auteur
- M. Djelloul, Alain Denise
- article
- Proc. JOBIM, 2008, pp.47-52
- Accès au bibtex
-
Communication dans un congrès
- titre
- Benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
- auteur
- Julien Allali, Yves d'Aubenton-Carafa, Cedric Chauve, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine de Monte, Aïda Ouangraoua, Marie-France Sagot, C. Saule, Michel Termier, Claude Thermes, Helene Touzet
- article
- JOBIM'08, 2008, Lille, France. pp.67-68
- Accès au bibtex
-
2007
Article dans une revue
- titre
- Adding pyrrolysine to the Escherichia coli genetic code.
- auteur
- Olivier Namy, Yu Zhou, Sarath Gundllapalli, Carla R Polycarpo, Alain Denise, Jean-Pierre Rousset, Dieter Söll, Alexandre Ambrogelly
- article
- FEBS Letters, 2007, 581 (27), pp.5282-8. ⟨10.1016/j.febslet.2007.10.022⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Shuffling biological sequences with motif constraints.
- auteur
- Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise, Romain Rivière
- article
- Journal of Discrete Algorithms, 2007, ⟨10.1016/j.jda.2007.06.001⟩
- Accès au bibtex
-
2006
Article dans une revue
- titre
- GenRGenS: Software for Generating Random Genomic Sequences and Structures
- auteur
- Yann Ponty, Michel Termier, Alain Denise
- article
- Bioinformatics, 2006, 22 (12), pp.1534--1535. ⟨10.1093/bioinformatics/btl113⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Communication dans un congrès
- titre
- Motifs Enumeration Algorithms in Biological Networks
- auteur
- Dominique Barth, Alain Denise, Romain Rivière
- article
- 2006
- Accès au bibtex
-
- titre
- Uniform Random Sampling of Traces in Very Large Models
- auteur
- Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Sandrine-Dominique Gouraud, Richard Lasseigne, Sylvain Peyronnet
- article
- First International Workshop on Random Testing, 2006, Portland, Maine, United States. pp.10-19
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2004
Article dans une revue
- titre
- Rare Events and Conditional Events on Random Strings
- auteur
- Mireille Régnier, Alain Denise
- article
- Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 2004, Vol. 6 no. 2 (2), pp.191-214. ⟨10.46298/dmtcs.310⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Communication dans un congrès
- titre
- Shuffling biological sequencess with motifs constraints
- auteur
- Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise, Romain Rivière
- article
- Algorithms and Computational Methods for Biochemical and Evolutionary Networks - CompBioNets'2004, Dec 2004, Recife, Brazil. 18 p
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2002
Article dans une revue
- titre
- Generating functions for generating trees
- auteur
- Cyril Banderier, Philippe Flajolet, Danièle Gardy, Mireille Bousquet-Mélou, Alain Denise, Dominique Gouyou-Beauchamps
- article
- Discrete Mathematics, 2002, 246 (1-3), pp.29-55
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2001
Rapport
- titre
- Assessing Statistical Significance of Overrepresented Oligonucleotides
- auteur
- Alain Denise, Mireille Regnier, Mathias Vandenbogaert
- article
- [Research Report] RR-4132, INRIA. 2001
- Accès au texte intégral et bibtex
-
1999
Article dans une revue
- titre
- Uniform Random Generation of Decomposable Structures Using Floating-Point Arithmetic
- auteur
- Alain Denise, Paul Zimmermann
- article
- Theoretical Computer Science, 1999, 218 (2), pp.233-248. ⟨10.1016/S0304-3975(98)00323-5⟩
- Accès au bibtex
-
Rapport
- titre
- On Generating Functions of Generating Trees
- auteur
- Cyril Banderier, Mireille Bousquet-Mélou, Alain Denise, Philippe Flajolet, Danièle Gardy, Dominique Gouyou-Beauchamps
- article
- [Research Report] RR-3661, INRIA. 1999
- Accès au texte intégral et bibtex
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1998
Article dans une revue
- titre
- CS: a MuPAD package for counting and randomly generating combinatorial structures
- auteur
- Alain Denise, Isabelle Dutour, Paul Zimmermann
- article
- MathPAD, 1998, 8, pp.23-30
- Accès au bibtex
-
Communication dans un congrès
- titre
- CS: a MuPAD Package for Counting and Randomly Generating Combinatorial Structures
- auteur
- Alain Denise, Isabelle Dutour, Paul Zimmermann
- article
- 10-th conference Formal Power Series and Algebraic Combinatorics, 1998, Toronto, pp.195-204
- Accès au texte intégral et bibtex
-
1997
Rapport
- titre
- Uniform Random Generation of Decomposable Structures Using Floating-Point Arithmetic
- auteur
- Alain Denise, Paul Zimmermann
- article
- [Research Report] RR-3242, INRIA. 1997
- Accès au texte intégral et bibtex
-