2024
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Bio-Image Informatics Index BIII: A unique database of image analysis tools and workflows for and by the bioimaging community
- auteur
- Chong Zhang, Alban Gaignard, Matus Kalas, Florian Levet, Felipe Delestro, Joakim Lindblad, Natasa Sladoje, Laure Plantard, Alain Latour, Robert Haase, Gabriel Martins, Paula Sampaio, Leandro Scholz, Neubias Taggers, Sébastien Tosi, Kota Miura, Julien Colombelli, Perrine Paul-Gilloteaux
- article
- 2024
- Resume_court
- Bio image analysis has recently become one keystone of biological research but biologists tend to ge .....
- typdoc
- Preprints, Working Papers, ...
- Accès au bibtex
-
2023
Journal articles
- titre
- FAIR-Checker: supporting digital resource findability and reuse with Knowledge Graphs and Semantic Web standards
- auteur
- Alban Gaignard, Thomas Rosnet, Frédéric de Lamotte, Vincent Lefort, Marie-Dominique Devignes
- article
- Journal of Biomedical Semantics, 2023, 14 (1), pp.7. ⟨10.1186/s13326-023-00289-5⟩
- Resume_court
- The current rise of Open Science and Reproducibility in the Life Sciences requires the creation of r .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Developing and reusing bioinformatics data analysis pipelines using scientific workflow systems
- auteur
- Marine Djaffardjy, George Marchment, Clémence Sebe, Raphael Blanchet, Khalid Belhajjame, Alban Gaignard, Frédéric Lemoine, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Computational and Structural Biotechnology Journal, 2023, 21, pp.2075-2085. ⟨10.1016/j.csbj.2023.03.003⟩
- Resume_court
- Data analysis pipelines are now established as an effective means for specifying and executing bioin .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- (more) Findable bioinformatics softwares with Bioschemas
- auteur
- Alban Gaignard
- article
- Elixir Tools platform, F2F meeting, Elixir, Mar 2023, Leyden, Netherlands
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
- titre
- Extraction d'informations sur les workflows scientifiques à partir de la littérature
- auteur
- Clémence Sebe, Aurélie Névéol, Sarah Cohen-Boulakia, Alban Gaignard
- article
- 23ème conférence francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2023, Lyon, France. pp.313-320
- Resume_court
- Les workflows scientifiques offrent aux bioinformaticiens un cadre pour représenter, échanger et a .....
- typdoc
- Conference papers
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Schema.org : How is it used?
- auteur
- Minh-Hoang Dang, Alban Gaignard, Hala Skaf-Molli, Pascal Molli
- article
- International Semantic Web Conference (ISWC) 2023, Nov 2023, Athens, France. CEUR Workshop Proceedings, 2023
- Resume_court
- Schema.org defines a shared vocabulary for semantically annotating web pages. Due to the vast and di .....
- typdoc
- Poster communications
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards improving workflows reproducibility : Extracting information on workflows from text and code repositories
- auteur
- Clémence Sebe, Frédéric Lemoine, Alban Gaignard, Olivier Ferret, Sarah Cohen-Boulakia, Aurélie Névéol
- article
- 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology and 22nd Annual European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2023), Jul 2023, Lyon, France.
- Resume_court
- Scientific workflows provide bioinformaticians a means to represent, exchange, and ensure the reprod .....
- typdoc
- Poster communications
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- An evaluation of EDAM coverage in the Tools Ecosystem and prototype integration of Galaxy and WorkflowHub systems
- auteur
- Lucie Lamothe, Jennifer Rugaard Bregndahl Jensen, Hans Ienasescu, Ove Johan Ragnar Gustafsson, Alban Gaignard, Dmitry Repchevsky, Radka Svobodová, Tomáš Raček, Matej Antol, Magnus Palmblad, Matúš Kalaš, Hervé Ménager
- article
- ELIXIR. 2023
- Resume_court
- Here we report the results of a project started at the BioHackathon Europe 2022. Its goals were to c .....
- typdoc
- Reports
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2022
Journal articles
- titre
- A taxonomy of tools and approaches for distributed genomic analyses
- auteur
- Wilmer Garzón, Luis Daniel Benavides Navarro, Alban Gaignard, Richard Redon, Mario Südholt
- article
- Informatics in Medicine Unlocked, 2022, 32, pp.1-17. ⟨10.1016/j.imu.2022.101024⟩
- Resume_court
- The amount of biomedical data collected and stored has grown significantly. Analyzing these extensiv .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- EDAM, the life-science ontology for data analysis and management
- auteur
- Lucie Lamothe, Alban Gaignard, Mads Kierkegaard, Hager Eldakroury, Melissa Black, Bryan Brancotte, Jon Ison, Veit Schwämmle, Matúš Kalaš, Hervé Ménager
- article
- JOBIM, Jul 2022, Rennes, France. ⟨10.5281/zenodo.6769072⟩
- Resume_court
- EDAM is a domain ontology of data analysis and data management in life sciences. It comprises concep .....
- typdoc
- Poster communications
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2021
Journal articles
- titre
- biotoolsSchema: a formalized schema for bioinformatics software description
- auteur
- Jon Ison, Hans Ienasescu, Emil Rydza, Piotr Chmura, Kristoffer Rapacki, Alban Gaignard, Veit Schwämmle, Jacques van Helden, Matúš Kalaš, Hervé Ménager
- article
- GigaScience, 2021, 10 (1), pp.giaa157. ⟨10.1093/gigascience/giaa157⟩
- Resume_court
- Background: Life scientists routinely face massive and heterogeneous data analysis tasks and must fi .....
- typdoc
- Journal articles
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-
- titre
- Location of intracranial aneurysms is the main factor associated with rupture in the ICAN population
- auteur
- Olivia Rousseau, Matilde Karakachoff, Alban Gaignard, Lise Bellanger, Philippe Bijlenga, Pacôme Constant Dit Beaufils, Vincent L'Allinec, Olivier Levrier, Pierre Aguettaz, Jean-Philippe Desilles, Caterina Michelozzi, Gaultier Marnat, Anne-Clémence Vion, Gervaise Loirand, Hubert Desal, Richard Redon, Pierre-Antoine Gourraud, Romain Bourcier
- article
- Journal of Neurology, Neurosurgery and Psychiatry, 2021, 92 (2), jnnp-2020-324371. ⟨10.1136/jnnp-2020-324371⟩
- Resume_court
- Background and purpose The ever-growing availability of imaging led to increasing incidentally disco .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Bioimage analysis workflows: community resources to navigate through a complex ecosystem
- auteur
- Perrine Paul-Gilloteaux, Sébastien Tosi, Jean-Karim Hériché, Alban Gaignard, Hervé Ménager, Raphaël Marée, Volker Baecker, Anna Klemm, Matúš Kalaš, Chong Zhang, Kota Miura, Julien Colombelli
- article
- F1000Research, 2021, 10, pp.320. ⟨10.12688/f1000research.52569.1⟩
- Resume_court
- Workflows are the keystone of bioimage analysis, and the NEUBIAS (Network of European BioImage Analy .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Large-scale regulatory and signaling network assembly through linked open data
- auteur
- Marie Lefebvre, Alban Gaignard, Maxime Folschette, Jérémie Bourdon, Carito Guziolowski
- article
- Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2021, 2021, pp.baaa113. ⟨10.1093/database/baaa113⟩
- Resume_court
- Huge efforts are currently underway to address the organization of biological knowledge through link .....
- typdoc
- Journal articles
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-
Conference papers
- titre
- Découvrabilité et réutilisation de données produites par des workflows : un cas d’usage en génomique
- auteur
- Alban Gaignard, Hala Skaf-Molli, Khalid Belhajjame
- article
- Journées Francophones d'Ingénierie des Connaissances (IC) Plate-Forme Intelligence Artificielle (PFIA'21), Jun 2021, Bordeaux, France. pp 73-80
- Resume_court
- Les systèmes de workflows ont largement contribué à améliorer la reproductibilité des expérien .....
- typdoc
- Conference papers
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2020
Journal articles
- titre
- Characterization of 3D Bifurcations in Micro-scan and MRA-TOF Images of Cerebral Vasculature for Prediction of Intra-Cranial Aneurysms
- auteur
- Anass Nouri, Florent Autrusseau, Romain Bourcier, Alban Gaignard, Vincent L'Allinec, Céline Menguy, Joëlle Véziers, Hubert Desal, Gervaise Loirand, Richard Redon
- article
- Computerized Medical Imaging and Graphics, 2020, 84C, ⟨10.1016/j.compmedimag.2020.101751⟩
- Resume_court
- An aneurysm is a vascular disorder where ballooning may form in a weakened section of the wall in th .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Findable and reusable workflow data products: A genomic workflow case study
- auteur
- Alban Gaignard, Hala Skaf-Molli, Khalid Belhajjame
- article
- Semantic Web – Interoperability, Usability, Applicability, 2020, pp.1-13. ⟨10.3233/SW-200374⟩
- Resume_court
- While workflow systems have improved the repeatability of scientific experiments, the value of the p .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
- titre
- Prediction of Unruptured Intracranial Aneurysm Evolution: The UCAN Project
- auteur
- Vincent L'Allinec, Stéphanie Chatel, Matilde Karakachoff, Emmanuelle Bourcereau, Zeineb Es-Salah-Lamoureux, Alban Gaignard, Florent Autrusseau, Solène Jouan, Anne-Clémence Vion, Gervaise Loirand, Hubert Desal, Olivier Naggara, Richard Redon, Myriam Edjlali-Goujon, Romain Bourcier
- article
- Neurosurgery, 2020
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- EDAM-bioimaging : The ontology of bioimage informatics operations, topics, data, and formats (update 2019)
- auteur
- Matúš Kalaš, Laure Plantard, Nataša Sladoje, Joakim Lindblad, Moritz Alexander Kirschmann, Martin Jones, Anatole Chessel, Leandro Aluisio Scholz, Fabienne Rössler, Alexandre Dufour, John Bogovic, Chong Zhang, Dominic Waithe, Paula Sampaio, Lassi Paavolainen, David Hörl, Sebastien Munck, Ofra Golani, Josh Moore, Alban Gaignard, Florian Levet, Jon Ison, Kota Miura, Julien Colombelli, Perrine Paul-Gilloteaux
- article
- 3rd NEUBIAS Bioimage Analysis Community Conference 2019, Jun 2020, Luxembourg, Luxembourg
- Resume_court
- EDAM is a well-established ontology of operations, topics, types of data, and data formats that are .....
- typdoc
- Poster communications
- Accès au bibtex
-
- titre
- EDAM-bioimaging : The ontology of bioimage informatics operations, topics, data, and formats (update 2020)
- auteur
- Matúš Kalaš, Laure Plantard, Nataša Sladoje, Joakim Lindblad, Moritz Alexander Kirschmann, Martin Jones, Anatole Chessel, Leandro Aluisio Scholz, Fabienne Rössler, Alexandre Dufour, John Bogovic, Chong Zhang, Dominic Waithe, Paula Sampaio, Lassi Paavolainen, David Hörl, Sebastien Munck, Ofra Golani, Josh Moore, Alban Gaignard, Florian Levet, Jon Ison, Kota Miura, Julien Colombelli, Perrine Paul-Gilloteaux
- article
- ELIXIR All Hands 2020, Jun 2020, Virtual, United Kingdom
- Resume_court
- EDAM is a well-established ontology of operations, topics, types of data, and data formats that are .....
- typdoc
- Poster communications
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- État des lieux MoDaL (Multi-Scale Data Links)
- auteur
- Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, Richard Redon, Anne Siegel
- article
- [Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020
- typdoc
- Reports
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Atelier MoDaL (Multi-Scale Data Links)
- auteur
- Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, Richard Redon, Anne Siegel
- article
- [Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020
- typdoc
- Reports
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2019
Conference papers
- titre
- INEX-MED: a Knowledge Graph to explore and link heterogeneous bio-medical data
- auteur
- Maxime Folschette, Kirsley Chennen, Alban Gaignard, Richard Redon, Hala Skaf-Molli, Olivier Poch, Jocelyn Laporte, Julie D Thompson
- article
- JOBIM 2019, Jul 2019, Nantes, France
- Resume_court
- Health and life sciences nowadays face the massive availability of diverse biomedical data. Providin .....
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
- titre
- On distributed collaboration for biomedical analyses
- auteur
- Fatima-Zahra Boujdad, Alban Gaignard, Mario Südholt, Wilmer Garzón-Alfonso, Luis Daniel Benavides Navarro, Richard Redon
- article
- CCGrid-Life 2019 Workshop on Clusters, Clouds and Grids for Life Sciences, May 2019, Larnaca, Cyprus. pp.1-10, ⟨10.1109/CCGRID.2019.00079⟩
- typdoc
- Conference papers
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- 3D bifurcations characterization for intra-cranial aneurysms prediction
- auteur
- Anass Nouri, Florent Autrusseau, Romain Bourcier, Alban Gaignard, Vincent L'Allinec, Céline Menguy, Joëlle Véziers, Hubert Desal, Gervaise Loirand, Richard Redon
- article
- SPIE Medical Imaging, Feb 2019, San Diego, CA, United States. ⟨10.1117/12.2504626⟩
- Resume_court
- An aneurysm is a vascular disorder represented by a ballooning of a blood vessel. The blood vessel's .....
- typdoc
- Conference papers
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- INEX-MED: INtegration and EXploration of heterogeneous bio-MEDical data
- auteur
- Alban Gaignard, Julie D. Thompson, Kirsley Chennen, Maxime Folschette, Jocelyn Laporte, Olivier Poch, Richard Redon, Hala Skaf-Molli
- article
- JOBIM 2019, Jul 2019, Nantes, France
- Resume_court
- The new era of modern biology and medicine calls for the development of novel integrated approaches .....
- typdoc
- Poster communications
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EDAM-bioimaging : The ontology of bioimage informatics operations, topics, data, and formats
- auteur
- Matúš Kalaš, Laure Plantard, Nataša Sladoje, Joakim Lindblad, Moritz Alexander Kirschmann, Martin Jones, Anatole Chessel, Leandro Aluisio Scholz, Fabienne Rössler, Alexandre Dufour, John Bogovic, Chong Zhang, Dominic Waithe, Paula Sampaio, Lassi Paavolainen, David Hörl, Sebastien Munck, Ofra Golani, Josh Moore, Alban Gaignard, Florian Levet, Perrine Paul-Gilloteaux, Jon Ison, Kota Miura, Julien Colombelli
- article
- NEUBIAS, Feb 2019, Luxembourg, Luxembourg. ⟨10.7490/f1000research.1115257.1⟩
- Resume_court
- The ontology of bioimage informatics operations, topics, data, and formats What? EDAM-bioimaging is .....
- typdoc
- Poster communications
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2018
Journal articles
- titre
- Whole-exon sequencing of human myeloma cell lines shows mutations related to myeloma patients at relapse with major hits in the DNA regulation and repair pathways
- auteur
- Benoit Tessoulin, Agnès Moreau-Aubry, Géraldine Descamps, Patricia Gomez-Bougie, Sophie Maiga, Alban Gaignard, David Chiron, Emmanuelle Ménoret, Steven Le Gouill, Philippe Moreau, Martine Amiot, Catherine Pellat-Deceunynck
- article
- Journal of Hematology and Oncology, 2018, 11 (1), pp.137. ⟨10.1186/s13045-018-0679-0⟩
- Resume_court
- Background: Human myeloma cell lines (HMCLs) are widely used for their representation of primary mye .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Lectures
- titre
- Sharing massive data analysis: from provenance to linked experiment reports
- auteur
- Alban Gaignard
- article
- Doctoral. France. 2018
- typdoc
- Lectures
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2017
Journal articles
- titre
- Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Khalid Belhajjame, Olivier Collin, Jérôme Chopard, Christine Froidevaux, Alban Gaignard, Konrad Hinsen, Pierre Larmande, Yvan Le Bras, Frédéric Lemoine, Fabien Mareuil, Hervé Ménager, Christophe Pradal, Christophe Blanchet
- article
- Future Generation Computer Systems, 2017, 75, pp.284-298. ⟨10.1016/j.future.2017.01.012⟩
- Resume_court
- With the development of new experimental technologies, biologists are faced with an avalanche of dat .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Understanding the Pathophysiology of Intracranial Aneurysm: The ICAN Project
- auteur
- Romain Bourcier, Stéphanie Chatel, Emmanuelle Bourcereau, Solène Jouan, Hervé Le Marec, Benjamin Daumas-Duport, Mathieu Sevin-Allouet, Benoit Guillon, Vincent Roualdes, Tanguy Riem, Bertrand Isidor, Pierre Lebranchu, Jérôme Connault, Thierry Le Tourneau, Alban Gaignard, Gervaise Loirand, Richard Redon, Hubert Desal
- article
- Neurosurgery, 2017, 80 (4), pp.621-626. ⟨10.1093/neuros/nyw135⟩
- Resume_court
- BACKGROUND: Understanding the pathophysiologic mechanism of intracranial aneurysm (IA) formation is .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Regulation and signalization graph assembly through Linked Open Data
- auteur
- Marie Lefebvre, Jérémie Bourdon, Carito Guziolowski, Alban Gaignard
- article
- JOBIM 2017, Jul 2017, Lille, France
- typdoc
- Conference papers
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Developing and sharing reproducible bioinformatics pipelines: best practices
- auteur
- Yohann Lelièvre, Audrey Bihouée, Eric Charpentier, Alban Gaignard, Simon Souchet, Damien Vintache
- article
- JOBIM 2017, Jul 2017, Lille, France
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
- titre
- SHARP: Harmonizing and Bridging Cross-Workflow Provenance
- auteur
- Alban Gaignard, Khalid Belhajjame, Hala Skaf-Molli
- article
- The Semantic Web: ESWC 2017 Satellite Events - ESWC 2017 Satellite Events, Jun 2017, Portoro, Slovenia. pp.219-234, ⟨10.1007/978-3-319-70407-4_35⟩
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
- titre
- SHARP: Harmonizing cross-workflow provenance
- auteur
- Alban Gaignard, Khalid Belhajjame, Hala Skaf-Molli
- article
- SeWeBMeDA 2017 : Semantic Web solutions for large-scale BioMedical Data Analtics - 14th ESWC 2017, May 2017, Portoroz, Slovenia
- Resume_court
- SHARP is a Linked Data approach for harmonizing cross-workflow provenance. In this demo, we demonstr .....
- typdoc
- Conference papers
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- SHARP: Harmonizing Galaxy and Taverna workflow provenance
- auteur
- Alban Gaignard, Khalid Belhajjame, Hala Skaf-Molli
- article
- SeWeBMeDA 2017 : Semantic Web solutions for large-scale BioMedical Data Analtics, May 2017, Portoroz, Slovenia
- Resume_court
- SHARP is a Linked Data approach for harmonizing cross-workflow provenance. In this demo, we demonstr .....
- typdoc
- Conference papers
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- SHARP: Harmonizing and Bridging Cross-Workflow Provenance
- auteur
- Alban Gaignard, Khalid Belhajjame, Hala Skaf-Molli
- article
- The Semantic Web: ESWC 2017 Satellite Events Portorož, Slovenia, May 28 – June 1, 2017, Revised Selected Papers, 2017
- Resume_court
- PROV has been adopted by a number of workflow systems for encoding the traces of workflow executions .....
- typdoc
- Book sections
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2016
Conference papers
- titre
- From scientific workflow patterns to 5-star linked open data
- auteur
- Alban Gaignard, Hala Skaf-Molli, Audrey Bihouée
- article
- TaPP 2016: 8th USENIX Workshop on the Theory and Practice of Provenance, Jun 2016, Washington D.C., United States
- Resume_court
- Scientific Workflow management systems have been largely adopted by data-intensive science communiti .....
- typdoc
- Conference papers
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2014
Journal articles
- titre
- OntoVIP: An ontology for the annotation of object models used for medical image simulation.
- auteur
- Bernard Gibaud, Germain Forestier, Hugues Benoit-Cattin, Frédéric Cervenansky, Patrick Clarysse, Denis Friboulet, Alban Gaignard, Patrick Hugonnard, Carole Lartizien, Hervé Liebgott, Johan Montagnat, Joachim Tabary, Tristan Glatard
- article
- Journal of Biomedical Informatics, 2014, 52, pp.279-92. ⟨10.1016/j.jbi.2014.07.008⟩
- Resume_court
- This paper describes the creation of a comprehensive conceptualization of object models used in medi .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Domain-specific summarisation of Life-Science e-experiments from provenance traces
- auteur
- Alban Gaignard, Johan Montagnat, Bernard Gibaud, Germain Forestier, Tristan Glatard
- article
- Journal of Web Semantics, 2014, 29, pp.19-30. ⟨10.1016/j.websem.2014.07.001⟩
- Resume_court
- Translational research in Life-Science nowadays leverages e-Science platforms to analyse and produce .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Global Initiative for Sentinel e-Health Network on Grid (GINSENG), Medical data integration and semantic developments for epidemiology
- auteur
- S Cipiere, G. Ereteo, Alban Gaignard, Boujelben N., S. Gaspard, Vincent Breton, Frédéric Cervenansky, David R.C. Hill, T. Glatard, D. Manset, J. Montagnat, L. Revillard J. And Maigne
- article
- CCGRID, May 2014, Chicago, United States
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
- titre
- Global Initiative for Sentinel e-Health Network on Grid (GINSENG): Medical Data Integration and Semantic Developments for Epidemiology
- auteur
- S. Cipiere, G. Ereteo, A. Gaignard, N. Boujelben, S. Gaspard, Vincent Breton, F. Cervenansky, David R.C. Hill, T. Glatard, D. Manset, Johan Montagnat, Jérôme Revillard, L. Maigne
- article
- Workshop on Clusters, Clouds and Grids for Health 2014, May 2014, Chicago, United States. pp.755-763, ⟨10.1109/CCGrid.2014.45⟩
- Resume_court
- The implementation of a grid network to support large-scale epidemiology analysis (based on distribu .....
- typdoc
- Conference papers
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Publication, partage et réutilisation de règles sur le Web de données
- auteur
- Oumy Seye, Catherine Faron Zucker, Olivier Corby, Alban Gaignard
- article
- 25èmes Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, May 2014, Clermont-Ferrand, France. pp.237-248
- Resume_court
- L'objectif de notre travail présenté dans cet article est de favoriser la réutilisation de règle .....
- typdoc
- Conference papers
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2013
Journal articles
- titre
- A virtual imaging platform for multi-modality medical image simulation.
- auteur
- Tristan Glatard, Carole Lartizien, Bernard Gibaud, Rafael Ferreira da Silva, Germain Forestier, Frederic Cervenansky, Martino Alessandrini, Hugues Benoit-Cattin, Olivier Bernard, Sorina Camarasu-Pop, Nadia Cerezo, Patrick Clarysse, Alban Gaignard, Patrick Hugonnard, Hervé Liebgott, Simon Marache-Francisco, Adrien Marion, Johan Montagnat, Joachim Tabary, Denis Friboulet
- article
- IEEE Transactions on Medical Imaging, 2013, 32 (1), pp.110-8. ⟨10.1109/TMI.2012.2220154⟩
- Resume_court
- This paper presents the Virtual Imaging Platform (VIP), a platform accessible at http://vip.creatis. .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Distributed knowledge sharing and production through collaborative e-Science platforms
- auteur
- Alban Gaignard
- article
- Other [cs.OH]. Université Nice Sophia Antipolis, 2013. English. ⟨NNT : 2013NICE4010⟩
- Resume_court
- This thesis addresses the issues of coherent distributed knowledge production and sharing in the Lif .....
- typdoc
- Theses
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2012
Journal articles
- titre
- Composing Multiple Variability Artifacts to Assemble Coherent Workflows
- auteur
- Mathieu Acher, Philippe Collet, Alban Gaignard, Philippe Lahire, Johan Montagnat, Robert France
- article
- Software Quality Journal, 2012, 20 (3-4), pp.689-734. ⟨10.1007/s11219-011-9170-7⟩
- Resume_court
- The development of scientific workflows is evolving towards the system- atic use of service oriented .....
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Design of an ontology for the annotation of object models used for medical image simulation
- auteur
- B. Gibaud, G. Forestier, B. Benoit-Cattin, F. Cervenansky, P. Clarysse, D. Friboulet, A. Gaignard, P. Hugonnard, C. Lartizien, H. Liebgott, Johan Montagnat, J. Tabary, T. Glatard
- article
- Nouvelles méthodologies en imagerie du vivant, Dec 2012, Lyon, France
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
- titre
- KGRAM Versatile Inference and Query Engine for the Web of Linked Data
- auteur
- Olivier Corby, Alban Gaignard, Catherine Faron Zucker, Johan Montagnat
- article
- IEEE/WIC/ACM International Conference on Web Intelligence, Dec 2012, Macao, China. pp.1-8
- Resume_court
- Querying and linking distributed and heterogeneous databases is increasingly needed, as plentiful da .....
- typdoc
- Conference papers
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Semantic Federation of Distributed Neurodata
- auteur
- Alban Gaignard, Johan Montagnat, Catherine Faron Zucker, Olivier Corby
- article
- MICCAI Workshop on Data- and Compute-Intensive Clinical and Translational Imaging Applications, Oct 2012, Nice, France. pp.41-50
- Resume_court
- Neurodata repositories federation is increasingly needed to implement multi-centric studies. Data fe .....
- typdoc
- Conference papers
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- OntoVIP: an ontology for the annotation of object models used for medical image simulation
- auteur
- B. Gibaud, G. Forestier, H. Benoit-Cattin, F. Cervenansky, P. Clarysse, D. Friboulet, A. Gaignard, P. Hugonnard, C. Lartizien, H. Liebgott, Johan Montagnat, J. Tabary, T. Glatard
- article
- IEEE International Conference on Healthcare Informatics, Imaging and Systems Biology (HISB), Sep 2012, La Jolla, United States. pp.110, ⟨10.1109/HISB.2012.35⟩
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- This paper describes works carried out in the Virtual Imaging Platform (VIP) project to create a com .....
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- titre
- Fédération multi-sources en neurosciences : intégration de données relationnelles et sémantiques
- auteur
- Alban Gaignard, Johan Montagnat, Catherine Faron Zucker, Olivier Corby
- article
- IC pour l'Interopérabilité Sémantique dans les applications en e-Santé, Jun 2012, France. 6 p
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- La fédération et l'interrogation multi-sources de données est un besoin croissant. En neuroscienc .....
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Books
- titre
- HealthGrid Applications and Technologies meet Science Gateways for Life Sciences, proceedings of HealthGrid 2012
- auteur
- S. Gesing, T. Glatard, J. Krüger, S. Delgado Olabarriaga, T. Solomonides, J.C. Silverstein, Johan Montagnat, A. Gaignard, D. Krefting
- article
- IOS Press, pp.232, 2012, 978-1-61499-054-3
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- The integration of grid, cloud and other e-infrastructures into the fields of biology, bioinformatic .....
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2011
Conference papers
- titre
- Characterizing semantic service parameters with Role concepts to infer domain-specific knowledge at runtime
- auteur
- Alban Gaignard, Johan Montagnat, Bacem Wali, Bernard Gibaud
- article
- International Conference on Knowledge Engineering and Ontology Development (KEOD'11), Oct 2011, Paris, France. pp.12
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- E-Science platforms leverage Service Oriented Architecture (SOA) principles to deliver large catalog .....
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- Conference papers
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- titre
- NeuroLOG: sharing neuroimaging data using an ontology-based federated approach.
- auteur
- Bernard Gibaud, Gilles Kassel, Michel Dojat, Bénédicte Batrancourt, Franck Michel, Alban Gaignard, Johan Montagnat
- article
- American Medical Informatics Association, Oct 2011, Washington DC, United States. pp.472-80
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- This paper describes the design of the NeuroLOG middleware data management layer, which provides a p .....
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- Conference papers
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-
- titre
- A federated system for sharing and reuse of images and image processing tools in neuroimaging
- auteur
- Bernard Gibaud, Farooq Ahmad, Christian Barillot, Franck Michel, Bacem Wali, Bénédicte Batrancourt, Michel Dojat, Pascal Girard, Alban Gaignard, Diane Lingrand, Johan Montagnat, Javier Rojas Balderrama, Grégoire Malandain, Xavier Pennec, David Godard, Gilles Kassel, Mélanie Pélégrini-Issac
- article
- Computer Assisted Radiology and Surgery (CARS'11), Jun 2011, Berlin, Germany
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- no absract.
- typdoc
- Conference papers
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- titre
- NeuroLOG: A framework for the sharing and reuse of distributed tools and data in neuroimaging
- auteur
- Michel Dojat, Mélanie Pélégrini-Issac, Farooq Ahmad, Christian Barillot, Bénédicte Batrancourt, Alban Gaignard, Bernard Gibaud, Pascal Girard, David Godard, Gilles Kassel, Diane Lingrand, Grégoire Malandain, Franck Michel, Johan Montagnat, Xavier Pennec, Javier Balderrama, Bacem Wali
- article
- Organization for Human Brain Mapping (HBM'11), Jun 2011, Quebec, Canada
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- no abstract
- typdoc
- Conference papers
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2010
Conference papers
- titre
- Grid-wide neuroimaging data federation in the context of the NeuroLOG project.
- auteur
- Franck Michel, Alban Gaignard, Farooq Ahmad, Christian Barillot, Bénédicte Batrancourt, Michel Dojat, Bernard Gibaud, Pascal Girard, David Godard, Gilles Kassel, Diane Lingrand, Grégoire Malandain, Johan Montagnat, Mélanie Pélégrini-Issac, Xavier Pennec, Javier Rojas Balderrama, Bacem Wali
- article
- HealthGrid'10, Jun 2010, Paris, France. pp.112-123, ⟨10.3233/978-1-60750-583-9-112⟩
- Resume_court
- Grid technologies are appealing to deal with the challenges raised by computational neurosciences an .....
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- Conference papers
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- titre
- Intégration des connaissances en neurosciences dans un environnement multi-centrique
- auteur
- Alban Gaignard, Johan Montagnat
- article
- Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances (IC 2010), Jun 2010, Nîmes, France. pp.21-30
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- Dans le cadre d'études de cohortes de patients, les neurosciences computationnelles sont confronté .....
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- Conference papers
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2009
Conference papers
- titre
- A distributed security policy for neuroradiological data sharing
- auteur
- Alban Gaignard, Johan Montagnat
- article
- HealthGrid 2009, Jun 2009, Berlin, Germany. pp.257-262, ⟨10.3233/978-1-60750-027-8-257⟩
- Resume_court
- Grids are key technologies to federate data distributed in multiple health institutions, thus enabli .....
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- Conference papers
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-
2008
Conference papers
- titre
- Managing Variability Complexity in Aspect Oriented Modelling
- auteur
- Brice Morin, Gilles Vanwormhoudt, Philippe Lahire, Alban Gaignard, Olivier Barais, Jean-Marc Jézéquel
- article
- 12th International Conference on Model Driven Engineering Languages and Systems (MODELS'2009), ACM/IEEE, Sep 2008, Toulouse, France. pp.797-812
- typdoc
- Conference papers
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-
- titre
- NeuroLOG: a community-driven middleware design
- auteur
- Johan Montagnat, Alban Gaignard, Diane Lingrand, Javier Rojas Balderrama, Philippe Collet, Philippe Lahire
- article
- HealthGrid, Jun 2008, Chicago, United States. pp.49--58
- Resume_court
- The NeuroLOG project designs an ambitious neurosciences middleware, gaining from many existing compo .....
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- Conference papers
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-
- titre
- Managing Variability Complexity in Aspect-Oriented Modeling
- auteur
- Brice Morin, Gilles Vanwormhoudt, Philippe Lahire, Alban Gaignard, Olivier Barais, Jean-Marc Jézéquel
- article
- In Proceedings of ACM/IEEE 11th International Conference on Model Driven Engineering Languages and Systems (MoDELS 08), 2008, Toulouse, France, France
- Resume_court
- Aspect-Oriented Modeling (AOM) approaches propose to model reusable aspects that can be composed in .....
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- Conference papers
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-
2007
Conference papers
- titre
- Introducing variability into Aspect-Oriented Modeling approaches
- auteur
- Philippe Lahire, Brice Morin, Gilles Vanwormhoudt, Alban Gaignard, Olivier Barais, Jean-Marc Jézéquel
- article
- In Proceedings of ACM/IEEE 10th International Conference on Model Driven Engineering Languages and Systems (MoDELS 07), 2007, Nashville, TN, USA, United States
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- Aspect-Oriented Modeling (AOM) approaches propose to model reusable aspects, or cross-cutting concer .....
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- Conference papers
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2006
Journal articles
- titre
- Federating distributed and heterogeneous information sources in neuroimaging: the NeuroBase Project.
- auteur
- Christian Barillot, Habib Benali, Michel Dojat, Alban Gaignard, Bernard Gibaud, Serge Kinkingnéhun, Jean-Pierre Matsumoto, Mélanie Pélégrini-Issac, Eric Simon, Lynda Temal
- article
- Studies in Health Technology and Informatics, 2006, 120, pp.3-13
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- The NeuroBase project aims at studying the requirements for federating, through the Internet, inform .....
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- Journal articles
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-
Conference papers
- titre
- Sharing data and image processing tools in neuroimaging.
- auteur
- Bernard Gibaud, Christian Barillot, Habib Benali, Michel Dojat, Alban Gaignard, Serge Kinkingnéhun, Jean-Pierre Matsumoto, Mélanie Pélégrini-Issac, Eric Simon, Lynda Temal
- article
- CARS 2006 - Computer Assisted Radiology and Surgery, Jun 2006, Osaka, Japan. pp.41-42
- Resume_court
- Research in neuroscience makes an extensive use of modern neuroimaging data. The ability to share su .....
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