Intégration de données cliniques et omiques pour la recherche d'information dans le Dossier Patient Informatisé

Chloé Cabot (1, 2) , Lina F. Soualmia (1, 2, 3) , Stéfan J. Darmoni (1, 2, 3)

1 LITIS - Laboratoire d'Informatique, de Traitement de l'Information et des Systèmes
2 TIBS - LITIS - Equipe Traitement de l'information en Biologie Santé
3 LIMICS - Laboratoire d'Informatique Médicale et Ingénierie des Connaissances en e-Santé

Nous décrivons dans cet article le modèle de données générique Information Retrieval for Omic and Clinical Sciences (IROmiCS) que nous proposons pour gérer les principaux types de données omiques (don-nées d'expression, de méthylation de l'ADN et variants génomiques). Nous décrivons également le langage de requêtes que nous avons développé qui repose sur le modèle IROmiCS et qui est dédié à l'interrogation des don-nées cliniques et omiques. Pour valider le modèle de données proposé, ainsi que le langage de requêtes associé, des données omiques expérimentales ont été intégrées dans ce modèle ainsi que des données de référence telle que les bases Gene du NCBI, Uniprot/Swissprot et la Gene Ontology. Plusieurs types de requêtes ciblant des données cliniques et des données omiques ont été réalisées sur les données intégrées. Une interface graphique facilite la visualisation des données intégrées par les cliniciens et les chercheurs. L'outil de recherche a permis de traiter des données symboliques, textuelles, numériques et chronologiques.

Mots clés: Médecine personnalisée.; Dossier Patient Informatisé; Stockage de données et Recherche d'Information; Intégration de données

Domaines: Informatique [cs]; Base de données [cs.DB]; Recherche d'information [cs.IR]

Chloé Cabot, Lina F. Soualmia, Stéfan J. Darmoni. Intégration de données cliniques et omiques pour la recherche d'information dans le Dossier Patient Informatisé. Journées Francophones d'Ingénierie des Connaissances - IC 2015, Jul 2015, Rennes, France. ⟨hal-01179292⟩